De iris heeft een karakteristieke wortel. Eigenlijk is het geen wortel, maar wortelstok. Deze ligt horizontaal in de bodem, vlak onder de aarde of met de bovenkant in het zonlicht. Vanuit de wortelstok groeien nieuwe wortels en bladeren. Dat gebeurt altijd vanuit één (zij)kant. Vanuit dit jongste deel van het rizoom schieten de dicht opeen gegroepeerde bladeren loodrecht omhoog. De eigenlijke wortels van de iris, klein ten opzichte van de wortelstok, doen hetzelfde, maar dan loodrecht naar beneden. Zo is de vorm van de iris een merkwaardige: de verticaal georiënteerde wortels en bladeren en de daar horizontaal tussen geplaatste wortelstok.  

In het verleden zijn de rizomen voor verschillende doeleinden gebruikt. De Romein Plinius schrijft in de eerste eeuw: ‘Als men een wortel wil uitgraven, giet men drie maanden ervoor honingwater er omheen om de aarde goed te stemmen, trekt met een zwaard een drievoudig kruis om haar heen, steekt de wortel uit en houdt haar zo tegen de hemel aan. Kinderen die tanden moeten krijgen hangt men deze wortel om.’  

Al in de twaalfde eeuw werd uit de wortelstok van de Florentijnse lis een naar viooltjes geurende etherische olie gewonnen, ook wel ‘viooltjeswortelolie’ genoemd. Deze witte Iris florentina groeide, zoals de naam al zegt, rondom Florence. De ‘lelie’ in het wapen van Florence, waarschijnlijk een gestileerde irisbloem, herinnert hier nog aan. De kweek van de blauwe iris was rond de vorige eeuwwisseling op zijn hoogtepunt. In Italië waren er irisvelden, qua omvang vergelijkbaar met de lavendelvelden in Zuid-Frankrijk. Boeren oogstten in die periode honderden tonnen rizomen per jaar.